사실 과기부랑 산업부의 투자 방향은 다르긴 합니다. 이건 과거로 좀 거슬러 올라가야하지만 산업기술연구회, 공공기술연구회, 기초기술연구회 3개로 9x년도에 출범해서 현재 국가과학기술연구회로 통합되는데 당시 3개로 나눈건 각 부처마다/본부마다 투자하는 방점이 달랐기 때문입니다.

지금도 산업부는 전통적인 제조/생산기술 및 부품 신뢰성(기반구축사업 등), 중소기업 지원육성 많은 비중을 두고 있고, 과기부는 첨단산업 기술개발 및 원천기술에 많은 중점을 두고 있습니다. (물론 각 부처가 위에 말한 "그런 종류의 사업"만 하는 것은 아닙니다)

즉, 굳이 따지고보자면 산업부의 투자방향은 지금 이미 나와있는 기술의 발전과 이를 통한 산업 밸류체인 구축에 가깝고 과기부는 차세대 기술의 First-mover로써의 지위 확보를 위한 투자에 가깝습니다. 고로 지금 윤통이 말하는 산업부 R&D는 원래 공공연구기관을 통해 간접적으로 지원하던 산업계 육성사업을 직접투입 형태로 하겠다는 의미로 볼 수도 있습니다.

예를 들어서, 현재는 A라는 정부출연연구소가 주관기관으로 수행하는 산업부 과제에 참여기업으로 B라는 민간업체가 참여하고 그 과제가 종료되면 민간업체는 일정금액의 기술료를 납부하고 그 특허와 연구성과물을 가져갈 수 있는 과제들이 종종 있습니다. 이런 과제에서는 기본적으로 출연(연)이 기술적인 애로사항들을 해결하는데 지원을 하고 그 성과는 기업이 가져가서 산업에 재투자하는 형태로 운영되는 과제인데 아마 산업부가 낸 내용을 보면 주관기관을 바로 그 B라는 기업에게 줘버리고 R&D를 수행하라는 의미가 아닌가 싶습니다.
이 부분은 일부 연구자들은 오히려 반길 부분입니다. 본인의 실적으로 크게 남지 않는 중소기업지원과제를 수행하면서 본인의 주요 연구를 수행하지 못 한다는 이야기를 종종 들었기에...

다만 이 이슈에 묻힌게 현재 출연(연)의 기본사업(기관고유목적사업) 예산 20% 삭감입니다. 차년도 출연(연) 기본사업 예산안에서 올해 대비 기본사업 예산이 20%나 날라가면서 지금 이게 어떻게 될지 문제인것도 있고... 윤통은 계속적으로 국제협력을 통한 대형성과창출을 이야기하는데 보통 기존에 이런걸 진행했던 사례(KIST 등)를 보면 준비만 4~5년이 걸리는데 당장 가시적인 성과가 없으면 안되는 현재 국가 R&D평가시스템과 PBS에서는 물음표만 가득합니다.